在一定強度微波場的作用下，食品中的蟲類和菌體也會因分子極化馳豫同時吸收微波能升溫。由于它們是凝聚態介質，分子間強作用力加劇了微波能向熱能的能態轉化。從而使體內蛋白質同時受到無極性熱運動和極性轉動兩個方面的作用，使其空間結構變化或破壞而使其蛋白質變性。蛋白質變性后，其溶解度、粘度、膨脹性、滲透性、穩定性都會發生明顯變化，而失去生物活性。

　　微波殺菌機用于粉狀、顆粒、片狀等食品、藥品、營養品、糧食制品、農副產品、牛肉、肉脯、方便面、速食品、米粉的干燥、殺菌，杏仁、花生、紅棗、桃仁、板栗的烘烤、膨化、殺菌、脫皮，醬菜、鹵味、各種肉制品小包裝的防霉、殺菌、保鮮，還用于科研院校的研究。

　　微波是頻率從300MHz~300GHz的電磁波。微波熱效應是微波與物料直接相互作用，將超高頻電磁波轉化為熱能的過程。微波殺菌是微波熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌膜斷面的電位分布影響周圍電子和離子濃度，從而改變的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，生長發育受阻礙死亡。