微波殺菌機用于粉狀、顆粒、片狀等食品、藥品、營養品、糧食制品、農副產品、牛肉、肉脯、方便面、速食品、米粉的干燥、殺菌，杏仁、花生、紅棗、桃仁、板栗的烘烤、膨化、殺菌、脫皮，醬菜、鹵味、各種肉制品小包裝的防霉、殺菌、保鮮，還用于科研院校的研究。

　　微波加熱殺菌裝置包括以下部分：1．產生微波的部分，主要由微波發生器，微波導管構成；2．爐體或爐腔部分，用可反射微波的材料制成，能產生微波諧振；3．爐內還有微波攪動或分散裝置；4．密封門部分，可防止微波泄露；5．操作控制部分包括安全連鎖裝置。大批量的生產主要是采用輸送帶式隧道爐。

　　在一定強度微波場的作用下，食品中的蟲類和菌體也會因分子極化馳豫同時吸收微波能升溫。由于它們是凝聚態介質，分子間強作用力加劇了微波能向熱能的能態轉化。從而使體內蛋白質同時受到無極性熱運動和極性轉動兩個方面的作用，使其空間結構變化或破壞而使其蛋白質變性。蛋白質變性后，其溶解度、粘度、膨脹性、滲透性、穩定性都會發生明顯變化，而失去生物活性。