在使用生物顯微鏡觀察時，一般應有自然光源和人工光源兩種照明。

1，將所需觀察的標本放在工作臺，使要觀察的物點大致在工作臺圓孔中心位置，用切片壓簧壓緊。

2，將各倍率物鏡依次裝于物鏡轉換器上，目鏡插入目鏡筒中。

3，如采用自然光源時，可將反射鏡朝向窗口，以便將外來光線導入，但應避免陽光直線射入，而使人目眩，反而觀察不清。

4，操作時先用10倍物鏡觀察，轉動反射鏡，并調節聚光鏡旋鈕，獲得明亮的視場（一般在低倍數放大時用平面反射鏡，高放大倍數時用凹面反射鏡），然后將微調手輪旋轉，使微動手輪處于中間位置，再轉動粗調手輪，將鏡筒下降，使物鏡靠近切片，然后用眼睛觀察目鏡，旋轉粗動調焦手輪使鏡身慢慢上升，并能見到標本影像，轉動微調手輪即可得到清楚的物象，再調節光欄，以便獲得清晰的物象（為觀察需要，應備有濾色片供使用，濾色片裝于聚光鏡下部的托架，可得到所選擇的光線背景。如因用低倍物鏡觀察液體或用高倍物鏡感到光源太強時，可將毛玻片裝于聚光鏡下部托架上使用，可得到暗淡光線，或將聚光鏡下降到適當位置進行觀察可得到清晰的物象）。

需要時，可轉換至高倍物鏡或用油浸物鏡進行觀察（用油鏡時，需加注香柏油與標本需觀察處）。經轉換器將高倍物鏡轉換觀察時（物鏡不會碰切片或物體），仍能看見物象，需要再轉動微調手輪，才可得到清晰的物象。

生物顯微鏡的保養

1，生物顯微鏡儀器保養與一般光學儀器相同，要放置在陰涼，干燥，無灰塵和無酸堿，蒸汽的地方，不用時用罩子罩好。

2，所有鏡頭均經校驗，請勿自行拆開，鏡片上如有污穢，可用脫脂棉沾二甲苯輕輕擦拭，如用酒精，則應注意不要讓酒精滲入物鏡內部，以防酒精溶解物鏡膠，鏡面上的灰塵可用吹風球吹，或用干凈毛筆輕輕彈去，清潔機械部分及涂無腐蝕性潤滑劑時，不要碰到光學零件，尤其是物鏡。

3，粗調手輪如發現太松或太緊時，用手握住一只粗調手輪，轉動另一只手輪調節。

4，用完物鏡，目鏡之后，應裝入鏡盒內。100倍物鏡用完后應立即用軟細布或擦鏡紙沾二甲苯擦拭干凈，然后將目鏡蓋裝在目鏡筒中。

5，粗動調焦范圍為45毫米，在調節時，用力不要過度。

6，微動調焦范圍不小于1.8毫米，手輪轉動一圈的升降值為0.1毫米，要小心操作。