隨著LIMS系統在實驗室中的普及和運用，LIMS系統也從原先的流程管理慢慢發展的更為全面和規范，尤其在業務流程上越來越受到實驗室的重視和青睞。下面就當面LIMS系統業務流程設計做個簡單的介紹。
檢測流程一般包括：客戶提出檢測申請，實驗室進行合同評審，評審不通過退回客戶、評審通過進行業務登記并收費，樣品受理，任務分配，樣品交接，交接通過則進行樣品檢測、交接不通過則退回樣品管理，任務分解（編制試驗大綱），樣品檢測，報告編審簽發，資料歸檔等，必要時，涉及不符合的整改、任務的更改等，如下圖所示。
更詳細的檢測業務流程則包含試驗大綱編制、任務計劃、任務變更、業務流程控制、報告編審簽、報告修改、整改/更改、項目分包、超期預警等更多的功能模塊。完整流程如下（此流程可根據檢測中心實際流程進行定制和靈活配置）：
1. 通過委托單信息生成內部工作任務，自動生成測試工作任務書；同時在樣品數據庫生成1條樣品記錄，生成樣品接收單，進入樣品部分；
2. 任務書流轉至聯絡員，聯絡員根據委托單測試要求填寫測試依據、測試項目及說明，并確認完成截止期限，引用周期選項；
3. 任務書流轉至部門主管
1) 部門主管編制試驗大綱，將測試任務分配到工作組；
2) 部門主管生成《檢測項目收費計價表》，在表內勾選檢測項目；
4. 任務流轉至工作組組長（必要時），組長將測試任務分配至試驗員；
5. 任務流轉至試驗員，試驗員選擇樣品，通知樣品管理員送樣。樣品送達后，對樣品進行測試，編制、校對原始記錄，提交項目工程師；
6. 任務流轉至項目工程師，項目工程師編制報告，提交組長；
7. 任務流轉至組長，組長初審報告，審畢提交部門主管；
8. 任務流轉至部門主管，部門主管審核報告，審畢提交打字員；
9. 任務流轉至文印員，文印員打印報告，完畢提交簽字人；
10.任務流轉至簽字人，簽字人批準報告，審畢提交資料管理員；
11.任務流轉至資料管理員，資料管理員歸檔，完成歸檔信息傳遞至聯絡員；
12.樣品管理員執行還樣任務，完成還樣信息傳遞至聯絡員；
13.確認完成歸檔和完成還樣后發送短信通知客戶取報告；
14.聯絡員核查費用到帳情況是否符合要求，根據申請書取報告方式發報告，完成當前任務。
15.系統對進行中任務進行動態監控，臨近超期或已發生超期的，可由系統發出預警和提示，告知部門主管及相關經辦人員。
16.客戶委托變更，由客戶或業務受理發起，針對正在進行中的任務，增加、減少或變更測試項目和要求，及時通知到部門主管及相關經辦人員，系統內留下痕跡，關聯財務結算和周期。
17.不符合整改，檢測發生不符合，告知客戶后需要整改的前提下，增加不符合復測項目，系統內留下痕跡，關聯財務結算和周期。
