制備液相，是和分析液相對應的，它們的大差別，不在于外形，而在于目的。分析液相的目的是給一種組份進行定量和定性。制備液相的目的是對產品的單體進行提取和純化。
在實驗室里，用于制備的液相，配置和普通的分析液相差不多。有泵，有進樣器，有柱子，有檢測器。為了收集分離出來的化合物，制備液相通常還配一個餾分收集器。
餾分收集器就像液相色譜的收納盒，把每次分析的同類物質收納到一起。餾分收集器可以直接串聯在檢測器后面。也可以連接一個三通，和檢測器并聯，都接在色譜柱的后面。有些實驗室里需要收集的量很大，一個餾分收集器裝不完，還可以并聯好幾個。根據檢測器的信號顯示，當化合物出峰的時候，儀器會自動收集。一般按照時間編程，也可以根據檢測器的信號強度自動觸發。一個個化合物通過餾分收集器收集到小瓶或者試管里，也可以通過管路連接到更大的瓶子。
目前，實驗室級別的制備液相色譜主要用于以下領域：
1.天然藥物化學、中藥化學。這是國內目前廣泛的使用方法，為了弄清楚植物中的微量有效成分，開放手工色譜柱早已不夠用了，幾乎每個搞天然藥化的實驗室都至少有一臺液相，土豪實驗室人手一臺液相。
2.蛋白純化。相對于前者，蛋白純化的起步要稍微晚一點，但是發展很迅速。同時，由于外國儀器廠家在這個領域的優勢不算太大，目前國內也在這個領域加快發展，搶占地盤。
3.藥物雜質純化。由于合成工藝并不能做到100%的產率，往往伴有副產品，如何獲得微量的雜質并確定結構和含量，這就得靠液相色譜。
4.手性化合物的制備。這個主要是有機合成和方法學的在用。
總之，目前有機化學領域里，開放手工柱層析依然是常用的分離手段，也是每個有機狗必會的技能之一，其在未來很長一段時間里將仍然扮演重要的角色。制備液相已經在天然藥化領域大面積使用，在將來，隨著科研的需要和價格的下降，將會逐漸進入千家萬戶，終跟旋蒸一樣普及。
