短程分子蒸餾儀在特定的溫度下運行其力越低所產生的氣體分子的平均自由的程度就會越大，分子蒸餾的蒸發空間的壓力低的時候其冷凝表面就會靠近蒸發的表面。從蒸發表面汽化的蒸汽分子，可以不和其它的分子進行碰撞，設備可以直接符合其冷凝表而冷凝,設備中分子蒸餾是一種特定的液,不同于傳統的蒸餾依靠其沸點差來分離。
短程分子蒸餾器運行的過程中其液體混合物會沿著加熱板的流動被加熱，于其輕重分子的自由程度不同,所以其不同物質的分子從液面逸出后移動距離不同。要是能恰當的設置在一塊冷凝板上,其輕分子符合冷凝板被冷凝排除，這樣重分子達不到冷凝板沿著混合排出，這樣可以在一些情況下實現其物質分離的目的。
短程分子蒸餾儀得溫度越低其分子蒸餾是在遠低于沸點的溫度下進行操作,只要存在溫度差就可以符合其分離的目的,這就是常規蒸餾和分子蒸餾的本質的區別。它的真空度比較高,其期面可以獲得比較高的真空度,通常情況下分子蒸餾在低的壓強下進行操作,所以物料是不易氧化受損的，物料受熱時間短,在蒸餾溫度下停留時間一般。
短程分子蒸餾儀在真空度控制方面，早期的控制方式采用的是開環控制方式,這種控制方法存在比較大的波動現象,隨著分離物質的純度需求持續增加，由于這種真空度控制方法的穩定性能差,很難符合比較高的純度需求，為了解決這個問題，使得真空度穩定在某個預定值上，可以采用氣體流量控制器進行反饋上的控制，通過調節進氣量與出氣量符合保持穩定真空度的目的。分子蒸餾實現真空度控制采閉環控制，液環真空泵與旋片式真空泵需要讓真空度維持在負壓的情況之下，通過串聯氣體流量控制器設備,充分利用氣體流量控制器來保持扮子蒸餾器的真空度實現穩定效果。
