概括起來講，滴灌水質處理方法可以歸結為物理的和化學的兩大類。
物理處理是從水中除去粒徑大于系統中小孔徑1/10 ~1/7的有機和無機雜質；化學處理則是往水中加一種或幾種化學藥劑以控制生物生長和不利的化學反應，改變灌溉水的化學特性。物理處理和化學處理可以分別進行，也可同時進行或互相配合。
水的物理處理
(1)澄清。澄清的作用是從水中除去較大的無機懸浮顆粒。水庫、塘壩具有良好的澄清作用；以河水、渠水為水源的滴灌系統，許多情況下須修建的沉淀池或集水蓄水池澄清水源。澄清也是水質初步處理的經濟的方法，可大大地減少水中雜物的含量，澄清池加上摻氣是除去灌溉水中鐵質和其他可溶固體物質的辦法。
(2)過濾。當水流通過一種多孔或具有孔隙結構的介質物體（如砂）時，水中的懸浮或膠質物質被孔口攔截或截留在孔口、孔隙中或介質物體的表面上，以此種方式把雜質從母液中分離出來的方法稱為過濾。過濾處理是滴灌系統中應用廣、經濟的處理方法之一。
正確地選擇水的物理處理方式重要，一般應根據系統流量大小，滴頭流道尺寸和水質的情況來定。
