膜除菌設備是通過膜過濾達到除菌目的的設備。膜除菌不是將細菌殺死，而是將細菌從水中隔離出來，這樣也防止了水中的死細菌再次成為污染源 。一般認為，膜的分離機制主要有機械篩分作用和吸附作用二影響膜分離效果的因素有膜的材料及膜孔徑操作條件，pH值等、其中關鍵因素為膜的材料及膜孔徑。膜除菌具有出水水質好、占地少、無二次污染等優點，是傳統消毒技術尤法比擬的。但膜消毒無持續消毒能力，且對病毒等微小顆粒的截留作用不。在實際應用中，膜堵塞的間題限制了膜除菌的廣泛應用。膜除菌現已廣泛用于優質飲用水的深度處理。