奧林巴斯CKX31作為常規的倒置生物顯微鏡，光學系統采用了奧林巴斯IX51倒置顯微鏡上采用的UIS2光學系統配置，以確保在細胞檢查中獲得高清晰度，首先，CKX31倒置顯微鏡操作簡單，使用者只需要進行很少的顯微鏡調節，花費很少的時間即可使用倒置顯微鏡獲得非常出色的顯微鏡圖像。
奧林巴斯UIS2光學系統不但結合了緊湊性設計，并且和接像透鏡優異的成像性能，可以保持奧林巴斯倒置顯微鏡理想的圖片亮度，達到了光學校正，基于這個前提，此光學系統能為用戶提供非凡的圖像清晰度和高對比度，除了圖像質量的提升以外，奧林巴斯倒置顯微鏡CKX31的視場直徑可以達到22mm。這樣使得CKX31倒置顯微鏡可以使用正置顯微鏡的目鏡觀察筒僅這一個型號具備此功能。
倒置顯微鏡的一個重要參數是圖像的平整度，由于采用了奧林巴斯光學系統，使CKX31顯微鏡的平常性提高了百分之十-百分之十五。并且高清晰度，高對比度的圖像質量一直延伸到視場邊緣。
光學系統把無限遠校正功能的優勢發揮出來，光路中的光通過物鏡后會形成平行光束，后形成無像差的中間像，由此可以再物鏡和內置透鏡中間插入各種附件，而不會對圖像清晰度和總的放大倍率造成影響，而且不用加入校正透鏡即可。在加入各種附加附件之后，UIS2光學系統仍然能提供清晰顯微鏡圖像。
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