有機肥發酵能快速分解有機質，同時強力降解蛋白質、發酵時間短，能有效殺死發酵物中的有害菌、蟲、蟲卵、草籽等。堆肥是常見的有機肥發酵方式，實際上，有機肥發酵是分為幾個階段的，包括發熱階段、高溫階段、降溫階段和腐熟保肥階段，在發熱階段，堆肥中的微生物產生大量的熱，不斷提高堆肥溫度，從20度左右上升至40度，接著進入高溫階段，在高溫階段中，好熱菌為主要種類，其對有機肥中的有機物進行分解并產生熱量堆積，溫度在65度左右，一段時間后進入降溫階段，當高溫持續一段時間后，其中的微生物活動微弱，降至40度以下，如果降溫過早，其中植物性物質分解不充分，在腐熟保肥階段，堆肥溫度降至氣溫左右。

　　生物有機肥滾筒發酵設備能夠在物料發酵過程中對物料進行充分攪拌，加速其與空氣接觸，保證發酵反應充分，以圓柱體滾筒作為發酵設備主體，運行時，堆肥物料在滾筒內部通過滾筒的機械運動被反復攪拌、 翻拋，使物料得到充分的混勻。 除滾筒主體部分外， 滾筒式堆肥反應器統還包括通風系統和尾氣處理裝置等。 滾筒反應器的堆肥周期只有4-7天，能快速的完成整個堆肥過程。滾筒傾斜放置，物料因重力作用沿旋轉方向聚集， 同時逐漸向筒體出口端移動。滾筒用5cm厚的黑色橡塑隔熱海綿進行全身包裹作為保溫層，再用鋁皮包裹保溫層，保暖效果好。動力根據規格采用電機，能耗消耗小，用電量省。

　　好氧發酵制作堆肥，可以保證產生足夠的高溫，殺死其中的寄生蟲及卵，以及殺死病菌營養體細胞，殺死雜草種子，以及盡量消耗掉物料中的能量如碳水化合物，以免將來施用到土壤中后，會造成燒根等不良現象，同時高溫才有條件盡量消耗掉秸稈中的碳氫化合物，如果不把秸稈中的碳氫化合物除去，則將來把這種肥料施到土壤中后，一是會燒根，二是因為這種肥碳氮比太高，會造成微生物大量發熱的同時，會爭奪土壤中的氮源來平衡碳氮比，這樣就造成與植物爭肥的不良好局面，造成植物根苗細長不壯實；同時，好氧發酵可以保證快速發酵，保持農民在兩茬作物之間的短暫的時間內，充分完成秸稈的腐熟過程。