1. 微波能的熱效應：在一定強度微波場的作用下，食品中的蟲類和菌體會因分子極化現象，吸收微波能升溫，從而使其蛋白質變性，失去生物活性。微波的熱效應主要起快速升溫殺菌作用；
2. 微波能的非熱效應：高頻的電場也使其膜電位、極性分子結構發生改變，使微生物體內蛋白質和生理活性物質發生變異，而喪失活力或死亡。在滅菌中起到了常規物理滅菌所沒有的特殊作用，也是造成細菌死亡原因之一。
3. 微波殺菌、保鮮是微波熱效應和非熱效應共同作用的結果。因此，微波殺菌溫度低于常規方法，一般情況下，常規方法殺菌溫度要120℃-130℃，時間約1小時，而微波殺菌溫度僅要70℃-105℃，時間約90-180秒。
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