中藥材微波烘干設備主要應用于黃連、當歸、貝母、天麻、金銀花、丹參、元胡、番紅花、人參、西洋參、黃芩、甘草、北沙參、枸杞、桔梗、紅花、芍藥、牡丹、山茱萸、地黃、金蓮花、杜仲、薏苡、山藥、銀杏、五倍子、豬苓、黃芪、金蕎麥、肉蓯蓉等中藥材的烘干、殺菌、殺蟲用。 微波烘干設備對中藥材烘干，已在很多中藥材加工企業得到廣泛的使用，該設備具有烘干時間短、速度快、時間短，在烘干的過程中還可以達到殺菌、殺蟲的效果。 采用微波烘干設備烘干后的中藥材，成品品質好，可很好的保持原有的營養成分，顏色自然。

目前，微波藥材烘干機主要用于中藥材的二次烘干及殺蟲、滅菌有效。為防止霉變和腐爛，大多數農戶采用硫磺浸泡烘干或硫磺燃燒密閉烘烤，易造成硫磺殘留量的超標。而微波中藥材殺蟲設備能在低溫下殺死藥材中的各種霉菌和蟲卵，限度的保留中藥材中的有效藥成分，防止儲存過程中產生的霉變和蟲蛀。

利用微波能穿透被加工食品的熱效應和非熱效應，可分別對各類含水食品藥材藥丸（藥片）進行加熱、干燥、脫水、解凍與滅菌中草藥微波低溫干燥設備，在電磁場作用下，極性分子由原來的隨機分布狀態轉向依照電磁場的極性排布，并隨電磁場的按頻率不斷變化。這一過程造成分子激烈運動相互摩擦從而產生熱量。