海鮮冷藏庫在用于儲存水產品時，也要注意通風換氣，因為水產品的呼吸可釋放出CO2和其它的多種的有害氣體，如果冷凍庫內積累的深度過高時，會直接影響水產品的生理代謝，而導致水產品變質、腐爛等現象。

物品的堆垛和冷風機的出風方向一致，水產品的擺放要離墻20cm，和送風口到底面距離有50cm；海鮮冷藏庫擺放水產品與冷風機周圍要留有1.5m的距離，物品堆垛之間要留有0.2~0.4m的距離讓冷氣均勻分散；而且冷庫內一定要留有相對0.8-1m寬的通道。

冷凍庫內相對濕度的控制，在制冷設備運行時，會因為蒸發器的結霜，操作的管理人員需要經常進行化霜的操作和排水，這樣肯定會導致海鮮冷藏庫內溫度降低。海鮮冷藏庫在正常儲存情況下，海鮮冷藏庫溫浮度不得超過1℃，海鮮冷藏庫溫度的調節一般是通過自動控制來實施的。

關于冷庫的制冷質量，與前期的冷庫建造有著密切相連的關系，準備建造海鮮冷凍庫廠房的尺寸大小

冷凍產品在解凍時，要在低溫的環境下進行，緩慢解凍才能保證海鮮的品質。而且會有較好的冷藏質量。 海鮮冷藏庫空間有限，在儲存水產品時，為了提高海鮮冷藏庫的利用率，堆垛也必須合理擺設。

當海鮮冷藏庫儲存滿后要在48小時內把溫度降到所貯藏水產品適宜的范圍。所以在海鮮冷藏庫設計時制冷系統的蒸發面積要較大，讓蒸發器表面的溫度和冷庫溫度的相差要小些，而減少結霜。 在水產品存入海鮮冷藏庫期間一定要避免冷凍庫內的溫度出現很大浮動。

一般要求海鮮冷庫的溫度設置為-18℃~-30℃或者是-50~-60℃。舉個例子，就像海鮮低溫冷藏庫的溫度通常是控制在-20℃以下，但如果冷庫因為保溫不當而造成溫度達不到-20℃，那貯存在冷庫內的水產品鮮味和保鮮質量就會收到影響。