直接接觸性用水

盡管市政供水通常不含有害或致病微生物，但也不全如此。此外，來自個別水源，如天然泉水或井水也可能受到污染。任何用于食品或飲料產品的配料水，或與產品直接接觸的水，都可能成為污染源。紫外線能夠在不使用化學物質、不進行加熱的情況下對產品進行消毒。同時，紫外線消毒法能使生產用水得到再次利用，既節約成本又在保障產品質量的基礎上提高了產量。

CIP(就地清洗)漂清用水

微生物安全性對用作最后CIP漂洗用水及消毒方案都是至關重要的。全自動紫外線消毒系統能夠結合CIP漂清周期使用，確保最終的漂清用水不會再次引入微生物污染。由于中壓紫外燈管自身的機械強度高，它們不會受到CIP水溫突變的影響。

過濾消毒

反滲透(RO)和顆粒狀活性碳(GAC)過濾法常被用來過濾生產用水，但是也可能成為細菌的滋生地。紫外線能夠有效地消毒RO和GAC的產水，而且已在加工產業中使用多年。

脫氯

GAC過濾器常被用來脫去生產用水中的氯氣，除去由于氯水消毒“揮發出"的氣味，從而保證最終產品的味道不走樣、沒有任何多余的味道或氣味。將紫外線消毒系統安裝在GAC過濾器前，能夠改善GAC過濾器的性能，延長活性碳的使用壽命，從而降低運營成本。

糖漿

糖漿可能是微生物理想的滋生場所。盡管糖份含量很高的糖漿并不利于微生物的生長，但是休眠的孢子會在糖漿被稀釋后恢復活性。在加工糖漿和稀釋時進行紫外線消毒能夠確保休眠的孢子失去活性。