微波滅活殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。我們知道水分子身就是一種性分子。所以，含有水分的物料處于微波場中時，微波電磁場對物料的作用下有兩方面的效果：一是微波能量轉化為物料熱能而對物料加熱，另一種則是物料中的生物活性組成部分（如蛋白質或酶）或混合物（如細菌、霉菌等）相互作用，使它們的生理活性得到抑制或激勵。前者稱為對物料的加熱效應，后者則稱為非熱或生物效應。

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